سیستم نبرد در Assassin’s Creed Black Flag Resynced دستخوش تحول بزرگی شده و حالا بیش از هر زمان دیگری بر اکشن سریع و درگیرکننده تمرکز دارد.
به نظر می‌رسد این نسخه جدید با فاصله گرفتن از رویکرد نقش‌آفرینی عناوین اخیر مجموعه، حال‌وهوایی نزدیک‌تر به نسخه‌های کلاسیک سری پیدا کرده است. در گذشته، مبارزات Assassin’s Creed ساختاری ساده اما سرگرم‌کننده داشتند؛ جاخالی دادن، اجرای ضدحمله‌های دقیق و استفاده از ابزارهای متنوع هر دوره تاریخی، هسته اصلی درگیری‌ها را تشکیل می‌داد. اما در نسخه‌هایی مانند Origins، Odyssey و Valhalla، سیستم مبارزه به شکل محسوسی به مکانیک‌های RPG و ارتقاهای آماری وابسته شده بود.
در مقابل، Black Flag Resynced تمرکز خود را بر اکشن پویا و واکنش‌های سریع گذاشته است. مت رایان، بازیگر نقش «ادوارد کنوی»، توضیح داده که سیستم مبارزه به‌طور کامل بازسازی شده است. به گفته او، استفاده از شمشیرهای دوگانه، سلاح‌های گرم و تیغه مخفی اکنون عمق بیشتری دارد و هر حرکت کاربرد مشخصی در میدان نبرد پیدا کرده است. سرعت اجرای ضربات و ترکیب‌ها افزایش یافته و روان‌تر شده‌اند. همچنین اگر ضدحمله‌ای بی‌نقص انجام دهید، می‌توانید بلافاصله دشمن را از پا درآورید و این روند را با چند حذف پیاپی ادامه دهید.
محیط نیز نقش پررنگ‌تری در درگیری‌ها دارد؛ بازیکن می‌تواند از دیوارها، سکوها و حتی اشیای تخریب‌پذیر برای برتری گرفتن استفاده کند و با مدیریت ابزارهایش، کنترل نبرد را در دست بگیرد.
از نظر رابط کاربری، دو پنل کوچک در گوشه تصویر قرار گرفته که امکان تعویض سریع سلاح‌ها و آیتم‌ها را فراهم می‌کند؛ قابلیتی که در نبردهای سریع و شلوغ اهمیت زیادی دارد.
در مقایسه با نسخه اصلی Black Flag، این بازسازی ریتمی تندتر و نمایشی‌تر دارد و تمرکز آن بر مبارزات سریع، چشمگیر و پیوسته کاملاً محسوس است.
